Das Grüne Tor wurde zwischen 1564 und 1568 im Stil des Manierismus errichtet. Die Bauarbeiten leitete der damals bekannte Baumeister Regnier aus Amsterdam nach den Entwürfen von Johann Kramer. Der Ziegelbau war ursprünglich grün gestrichen, woraus sich der Name ergab. Neben seinen vier Toren weist das Gebäude stattliche Giebelfronten auf, die ihm ein prunkvolles Aussehen verleihen. Der große Saal im Obergeschoss war ursprünglich als Stadtresidenz für die polnischen Könige gedacht, wurde aber nie entsprechend genutzt. Seit dem späten 18. Jahrhundert hatte die Naturforschende Gesellschaft (Societas Physicae Experimentalis) hier ihren Sitz, die 1845 ein eigenes Gebäude direkt am Mottlau-Ufer bezog. Seit dem Ende des 20. Jahrhunderts befindet sich eine Abteilung des Nationalmuseums in Danzig (Muzeum Narodowe w Gdańsku) im Grünen Tor.