Das Westpreußische Landesmuseum empfängt seine Besucher seit 2014 im ehemaligen Franziskanerkloster in Warendorf. Dieses historische Ensemble befindet sich am Ostrand der Altstadt; vom Marktplatz mit der Pfarrkirche St. Laurentius aus führt die Klosterstraße in gerader Linie direkt auf den Eingang des Museums zu.
Im Zuge der Gegenreformation – also mit dem Ziel, den katholischen Glauben in der Gegend wieder zu verbreiten – hatten sich 1628 Franziskaner in Warendorf niedergelassen. Mit dem Bau ihrer eigenen Kirche begannen sie 1652; gleich nach deren Vollendung im Jahre 1673 begannen die Arbeiten am Klostergebäude, das 1683 fertiggestellt wurde. Seit dieser Zeit war es durchgehend von Franziskanern bewohnt, selbst während der Säkularisation nach 1800 blieb es erhalten. Erst im Jahre 2008 musste das Kloster schließlich aufgegeben werden.
Die drei zentralen Flügel des Klosters sind um einen Hof gruppiert, hier befinden sich die Räume des Westpreußischen Landesmuseums. Das Erdgeschoss ist von dem mit großen Fenstern zum Hof geöffneten Kreuzgang geprägt, in dem das Museum einige herausgehobene Stücke aus der Sammlung zeigt. Dort grenzt auch der frühere Speisesaal (das Refektorium) an, in dem nun die Sonderausstellungen des Museums stattfinden. Im Obergeschoss ist der Hauptteil der Dauerausstellung eingerichtet worden. Die alten Mönchzellen dienen als Kabinette und bieten Meilensteine eines historischen Parcours.
Im Osten schließt ein langer Querbau an, der heute als Wohnraum genutzt wird. Kunsthistorisch bemerkenswert ist das Portal am westlich gelegenen Vorplatz des Klosters. Es ist von Pilastern und Gebälk eingerahmt und mit floralem Zierwerk versehen. Das Wappen und die Inschrift über der Tür verweisen auf Fürstbischof Ferdinand von Fürstenberg, der den Bau förderte. Im Norden schließt die ehemalige Klosterkirche an. Sie verfügt in ihrem Chorraum über eine umfassende Ausstattung aus dem späten 18. Jahrhundert und kann im Rahmen des Museumsbesuchs besichtigt werden.
Der Umbau des denkmalschützen Klosters für das Westpreußische Landesmuseum erfolgte 2012/13, er wurde von dem Architekturbüro Pfeifer – Ellermann – Preckel aus Münster durchgeführt. Die Räume wurden in ihrer Aufteilung nicht wesentlich verändert, zudem sind einige an das Klosterleben erinnernde Details erhalten geblieben. – Im Umfeld ist ein neues Wohnquartier entstanden, dessen Bauten in Gestaltung und Höhe an das Kloster angepasst sind.