Muzeum Prus Zachodnich wita zwiedzających od 2014 roku we wcześniejszym klasztorze Franciszkanów w Warendorfie. Ten historyczny zespół budynków znajduje się na skraju starówki; od rynku z kościołem pw. św. Laurencjusza prowadzi Klosterstraße (ulica Klasztorna) w prostej linii do wejścia do Muzeum.
W czasie kontrreformacji – czyli z celem ponownego rozprzestrzeniania w okolicy wiary katolickiej – osiedlili się w Warendorfie w 1628 roku Franciszkanie. Budowę swego własnego kościoła podjęli oni w 1652 roku, zaraz po jej uwieńczeniu w 1673 roku rozpoczęły się prace nad budynkiem klaszornym, które ukończono w 1683 roku. Od tego czasu był on bez przerw zamieszkiwany przez Franciszkanów, zachował się także w czasach sekularyzacji po 1800 roku. Dopiero w roku 2008 z klasztoru zrezygnowano.
Trzy centralne skrzydła klasztoru są zgrupowane wokół dziedzińca, w nich też znajdują się pomieszczenia Muzeum Prus Zachodnich. Parter charakteryzuje się dużymi oknami otwartego do dziedzińca krużganku, w którym Muzeum prezentuje niektóre wybitne eksponaty swego zbioru. Z nim graniczy także wcześniejszy refektarz (sala jadalna), w którym przedstawiane są wystawy czasowe. Na piętrze umiejscowiono główną część ekspozycji stałej. Dawne cele mnichów służą jako gabinety i stanowią kamienie milowe ścieżki historycznej.
Na wschodzie dołącza długa budowla poprzeczna, w której usytuowane są obecnie pomieszczenia mieszkalne. Z punktu widzenia historii sztuki zasługuje na uwagę portal przy położonym na zachodzie placu przed klasztorem. Jest on obramowany pilastrami i balkowaniem oraz otoczony floralną dekoracją. Herb i napis ponad drzwiami przesyłają do księcia biskupa Ferdinanda von Fürstenberga, który wspierał tę budowę. Na północy przylega do budynku uprzedni kościół klasztorny. W prezbiterium dysponuje on bogatym wyposażeniem z późnego XVIII wieku i jest udostępniony do zwiedzania w ramach wizyty w Muzeum.
Przebudowa stojącego pod ochroną zabytków klasztoru dla celów Muzeum Prus Zachodnich została przeprowadzona w latach 2012-2013 przez biuro architektoniczne Pfeifer-Ellermann-Preckel z Monastyru. Wnętrza nie zostały istotnie zmienione pod względem ich podziału, poza tym zachowano wiele szczegółów przypominających o życiu klasztornym. W otoczeniu powstała nowa dzielnica mieszkalna, której budynki dopasowane są do klasztoru pod względem wyglądu i wysokości.